Die Anführer der rivalisierenden Mutantengruppen, Professor X und Magneto, arbeiten nach Jahren des Kampfes gegeneinander zusammen, um die Zukunft der Mutanten und der Menschen zu sichern. Der Einsatz von übermächtigen Roboter-Giganten hat die Welt der Gegenwart in ein Leichenfeld verwandelt. Wolverine soll nun in die Vergangenheit reisen, um die jungen Varianten von Professor X und Magneto davon zu überzeugen, schwerwiegende Fehler von einst erst gar nicht zu begehen.