Die bedrohliche Kreatur Serleena landet in New York und nimmt die Gestalt einer attraktiven Frau (Lara Flynn Boyle) an: Mit Hilfe des auf der Erde abgestellten Scrad will Serleena das Licht von Zartha sicherstellen, um die Universumsherrschaft zu übernehmen. MIB-Agent Jay (Will Smith) stellt sich der drohenden Gefahr, muss dafür aber zunächst seinen alten Partner Kay (Tommy Lee Jones) aus dem Ruhestand (und der Ahnungslosigkeit) zurückholen.

In der Fortsetzung des Sensationserfolgs von 1997 setzt
Barry Sonnenfeld auf die bewährten Erfolgsrezepte des ersten Teils der Comicverfilmung und inszeniert Will Smith und Tommy Lee Jones mit noch mehr Effekten, imposanten Designs und flotten Jokes als ultracooles Duo.