In den 70er Jahren des 19. Jahrhunderts erhält der US-Captain und Bürgerkriegsveteran Nathan Algren (Tom Cruise) ein verlockendes Angebot aus Japan: Er soll die Truppen des Kaisers für den Kampf gegen die letzten Samurai im Gebrauch mit westlichen Schusswaffen ausbilden. Fasziniert von seiner neuen Umgebung beteiligt sich Algren an Kampfhandlungen und wird prompt von den Samurai gefangen genommen. Nun sieht er sich vor eine fundamentale Frage der Ehre gestellt.