Zehn Jahre sind vergangen, seit der junge Anakin Skywalker (Hayden Christensen) seine Jedi-Ausbildung bei Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) begann. Nun steht die Republik vor ihrer größten Zerreißprobe: Eine mächtige Separatistenbewegung unter Leitung des ehemaligen Jedis Count Dooku (Christopher Lee), ausgestattet mit einem Heer von Kampfdruiden, bedroht den Frieden und das Leben der einflussreichen Senatorin Padmé Amidala (Natalie Portman). Anakin wird zu ihrem Leibwächter ernannt, während Obi-Wan in den Weiten der Galaxie nach den Drahtziehern der Verschwörung sucht. Dabei stößt er auf eine riesige Armee von Klonkriegern, die im Geheimen zum Schutz der Republik gezüchtet wurde. So jedenfalls die offizielle Version. In der Zwischenzeit kommen sich Amidala und Anakin näher. Doch bevor die Liebenden zueinander finden, kommt es zur Schicksalsschlacht zwischen Klonen und Druiden, Jedis und Abtrünnigen...