Vor der Insel Okinawa wird der Palast eines legendären Königreichs wiederentdeckt, das vor vielen tausend Jahren im Meer versunken ist. In dem untergegangenen Palast soll sich ein riesiger Schatz befinden, der auch die böse Belvera und ihr gigantisches Amphibienmonster Dagahra auf den Plan ruft. Als die Nachricht die beiden Feen-Zwillinge Moll und Lora erreicht, machen sie sich sofort auf den Weg nach Okinawa. Sie rufen Mothra zur Hilfe, um das gewalttätige Monster Dagahra zu stoppen. Doch in der erbitterten Seeschlacht unterliegt Mothra zunächst. Ist nun alles zu spät?