Als bei Waldrodungsarbeiten auf der japanischen Insel Hokkaido das Siegel der Elias gefunden wird, droht eine Katastrophe. Das Siegel ist ein magisches Medallion, das einst erschaffen wurde, um den Furcht erregenden, dreiköpfigen Drachen Desighidora in seinem aus Felsgestein bestehenden Gefängnis zu halten. Mit Hilfe des Medaillons kann der Drache wieder zum Leben erweckt werden. Die beiden Feen Moll und Lora ahnen das Unheil und eilen nach Japan, um dem Monster mit Hilfe des mystischen Nachtfalters Mothra den Garaus zu machen...