Der Film spielt ein Jahr nach den Geschehnissen der Serie. Okabe Rintarou ist durch mehrere Zeitlinien gereist und endlich in der Weltlinie "Steins Gate" gelandet. In dieser muss keiner seiner Freunde sterben, da die Zukunft nicht durch eine Zeitmaschine bestimmt wird. Jedoch spürt Rintarou immer wieder Nebenwirkungen von seinen Zeitreisen. Ohne weitere Vorwarnungen verschwindet er plötzlich und es scheint als hätte er niemals existiert. Nun liegt es an Kurisu Makise, die sich aufgrund eines Déjà Vus an ihn erinnert, einen Weg zu finden ihn wieder zurück zu bekommen.