Während der friedliebende Samurai Kenshin versucht, in Tokio seine dunkle Vergangenheit als Killer im Dienste der Regierung zu vergessen, erhält er einen finalen Auftrag: Der größenwahnsinnige Auftragsmörder Shishio will einen Staatsstreich anzetteln und das Land im Chaos versinken lassen. Um dies zu verhindern, macht sich Kenshin auf den Weg nach Kyoto, denn nur er kann sich dem ebenbürtigen Schwertkämpfer entgegenstellen. Doch wie will er ihn aufhalten, wenn Kenshin doch geschworen hat, nie wieder ein Menschenleben zu nehmen?