Es ist das Jahr 2977, die Menschen haben den Weltraum erobert und kamen seither mit zahlreichen fremden Spezies in Kontakt, der nicht immer freundlich verlief. Seit geraumer Zeit herrscht ein Krieg, der sich über die ganze Galaxie erstreckt. Neue Gefahr droht durch eine menschliche Rasse, deren Vorfahren vor Unzeiten ins Exil geschickt worden waren und die nun die Erde als ihre rechtmäßige Heimat zurückfordern wollen. Auf der Erde wiederum hat die korrupte Gaia Coalition das Sagen, die ihre Vormachtstellung bedroht sieht und diese mit allen zur Verfügung stehenden Mitteln zu verteidigen sucht. Space Pirate Captain Harlock gerät zwischen die Fronten, da er sich nicht von einer Seite in Beschlag nehmen will, sondern seinem moralischen Kompass vertraut. Ihm zur Seite steht eine bunt zusammengewürfelte Crew, die mit ihm an Bord der Arcadia durch die Hölle gehen würde…