Ein paar Wissenschaftler erschaffen ein künstliches Schwarzes Loch, um Godzilla damit zu vernichten. Beim Test geht jedoch was schief und eine prähistorische Libelle, die aus dem Schwarzen Loch kam, legt ein Ei, aus dem viele Larven schlüpfen. Diese Larven saugen Godzilla die Energie ab und speisen damit ihre Königin, die zum Monsterinsekt Megaguirus heranwächst.

Godzilla, auf der Suche nach neuer Energie, fällt wieder einmal über Tokio her und es kommt zum Duell der beiden Viecher. Um beide Monster auf einmal loszuwerden, soll das Schwarze Loch erneut zum Einsatz kommen...