Seit Godzilla 1954 Tokio das erste Mal zerstörte, wurde die Stadt immer wieder von grausamen Riesenmonstern angegriffen. Aus diesem Grund wurde die Spezialeinheit namens AMMT (Anti-MegaMonster Troop) ins Leben gerufen. Doch als Godzilla 1999 plötzlich auftaucht haben die Soldaten der AMMT trotz Ihrer zerstörerischen Waffen keine Chance gegen das Monster. Jetzt, 4 Jahre später, hat die Regierung endlich eine neue Geheimwaffe fertig gestellt: Mechagodzilla. Das neue Ungetüm, komplett aus Stahl, hat viele neue Waffen im Handgepäck und soll Godzilla nun richtig einheizen. Der finale Kampf beginnt: Godzilla against Mechagodzilla!