In der Fortsetzung des ersten X-Men-Films müssen sich die Mutanten von Professor X (Patrick Stewart) und Magneto (Ian McKellen) verbünden. Sie stehen General Stryker (Brian Cox) gegenüber, der alle Mutanten endgültig ausrotten will.

In einer Welt voller Vorurteile und Hass gegenüber allem, was fremd ist, gelten die Mutanten als die gefährlichsten Feinde der Menschheit. Um sich vor ihren übermenschlichen Fähigkeiten zu schützen, plädiert US-Senator Robert Kelly (Bruce Davison) dafür, sie alle auf eine einsame Insel zu verbannen.