Als Quelle für das Sequel wird eine 1982 veröffentlichte, vierteilige Wolverine-Comic-Mini-Serie von Chris Claremont und Frank Miller dienen. In der Serie reist Wolverine (Hugh Jackman) auf der Suche nach seiner großen Liebe Mariko Yashida (Tao Okamoto) nach Japan. Als er ankommt, muss er jedoch feststellen, dass sie bereits dem kaltherzigen Noburo Mori (Brian Tee) versprochen ist. Außerdem gerät Wolverine in eine Auseinandersetzung mit Marikos Vater Shingen (Hiroyuki Sanada) und dem Ninjaclan "The Hand": Dabei bekommt er es vor allem mit Kenuichio Harada aka der Silver Samurai (Will Yun Lee) zu tun. Der japanische Mutant besitzt die Gabe, alle Materialien mit Energie aufzuladen und mit seiner dann gestärkten Klinge auch durch fast jede Substanz zu schneiden. Wolverine ist zum ersten Mal verwundbar und stößt an seine körperlichen und emotionalen Grenzen. Dabei muss er sich auch dem eigenen inneren Kampf der Unsterblichkeit stellen. Dadurch wird er stärker, als wir ihn jemals zuvor gesehen haben.