Wieder einmal stehen sich die verfeindeten Bataillone der Mutanten kampfbereit gegenüber: Die X-Men unter Führung von Professor Xavier (Patrick Stewart) sind um Ausgleich mit den Menschen bemüht, die Gruppe um Magneto (Ian McKellen) eher auf die Weltherrschaft erpicht. Zwei unerwartete Entwicklungen bringen Bewegung in die Fronten: Ein Mittel verspricht Heilung vom Mutantendasein, und Jean Grey (Famke Janssen) mutiert zum Phoenix.