Manny, Diego und Sid erleben ihr bisher größtes Abenteuer, als ein Kataklysmus gewaltige Stücke ihres Kontinents in den Ozean abdriften lässt. Vom Rest der Herde getrennt, nutzen sie einen Eisberg als notdürftigen Schiffersatz. Dabei begegnen die Freunde allerlei exotischen Meeresbewohnern und bekämpfen rücksichtlose Piraten. Zudem bringt Scrats Wiedersehen mit seiner Mutter ihn an Orte, an denen noch nie zuvor ein prähistorisches Eichhörnchen gewesenen ist.