Yugi Muto und Seto Kaiba sind alte Rivalen – und sie treffen sich in „Yu-Gi-Oh! The Dark Side Of Dimensions“ wieder. Es ist das letzte Jahr an der Highschool: Ein mysteriöser Junge taucht auf, Aigami, den Yugi und seine Freunde zu kennen glauben. Aber von woher nur? Bald stellt sich heraus, dass Aigami nicht nur großes Interesse an Yugi hat, sondern auch am Millenniumspuzzle. Weil er unbedingt alle Teile bekommen will, nichts anderes im Kopf hat als das Puzzle, gerät Aigami mit Seto Kaiba aneinander. Es dauert nicht lange, da wird Yugi und Kaiba klar, dass der merkwürdige Neue viel mächtiger ist, als es scheint. Die alten Rivalen müssen etwas tun, was sie bisher für undenkbar hielten: Sie müssen aufhören, Feinde zu sein. Sie müssen sich zusammenraufen und Aigami gemeinsam bekämpfen…

Yugi und Kaiba in einem ganz besonderen Duell zeigt Satoshi Kuwabara in diesem Animationsfilm.