Als der fiese Pirat Burger Beard (Antonio Banderas) Mr. Krabs' Geheimrezept für den allseits beliebten Krabbenburger stiehlt, stürzt er damit die gesamte Unterwasser-Stadt Bikini Bottom ins Chaos. Das wollen deren Bewohner natürlich nicht auf sich sitzen lassen. Und so begeben sich SpongeBob (Stimme im Original: Tom Kenny / deutsche Fassung: Santiago Ziesmer) und seine Freunde Patrick (Bill Fagerbakke / Fritz Rott), Sandy (Carolyn Lawrence / Cathlen Gawlich), Thaddäus (Rodger Bumpass) und Mr. Krabs (Clancy Brown / Jürgen Kluckert) in die Welt der Menschen, um Burger Beard mit vereinten Kräften das Handwerk zu legen. Doch auch SpongeBobs Erzfeind Plankton (Mr. Lawrence / Thomas Petruo) will die Gelegenheit nutzen, um an das Rezept zu kommen. Während sie sich noch in der ihnen fremden Welt zurechtfinden müssen, wecken sie bald erstaunliche Kräfte in sich, mit denen sie Burger Beard und seiner finsteren Crew entschlossen entgegentreten.