Vierzehn Jahre sind nach dem dritten Einschlag vergangen, doch die Menschheit wird immer noch von den Engeln attackiert. Shinji Ikari wird aus Evangelion Einheit-01 geborgen und erkennt, dass sich Dinge geändert haben, jedoch nicht zum Besseren: Die Welt wurde verwüstet und seine ehemals Verbündeten von NERV haben sich ihm und Rei Ayanami gegenüber feindlich eingestellt. Obwohl Shinji für Rei alles riskiert hatte, konnte sie bislang nicht wieder gefunden werden. Shinji versucht, sich an die neue Umgebung anzupassen und trifft dabei auf den rätselhaften Kaworu Nagisa. Beide begeben sich auf die Suche nach Rei und stoßen dabei auf schreckliche Wahrheiten hinter den Engeln, NERV und den Evangelion.