In einer Kombination aus Interviews mit den bedeutendsten Ägyptologen der Welt, außergewöhnlichen Drehorten, dramatisierendem Filmmaterial, Archivaufnahmen und Computeranimationen dokumentiert der HISTORY CHANNEL in 'Ägypten - Ewiges Rätsel der Forschung' die atemberaubende Geschichte der Ägyptologie der letzten 200 Jahre. Bereits 1789 kamen napoleonische Schüler nach Ägypten. Die Dokumentation zeigt, wie deren Katalogisierung des Landes zu einem Eckpfeiler moderner Forschung geworden ist. Damals wurde auch der 'Rosetta-Stein' gefunden, welcher erstmals seit 1500 Jahren die Entzifferung ägyptischer Hieroglyphen ermöglichte. Dieser Epoche der Wissenschaft folgte eine Zeit der Plünderung. Europäische Antiquitätenhändler durchsuchten das Niltal nach Schätzen, welche sie in ihrem Heimatland verkaufen konnten. Auch wenn sie dadurch große Schäden anrichteten, so trugen sie dennoch dazu bei, dass viele neue Ausgrabungsstätten und Schätze entdeckt wurden. 'Ägypten - Ewiges Rätsel der Forschung' beleuchtet überdies die Entwicklung der modernen Archäologie, unter anderem durch das Portrait des Vaters der modernen Archäologie: Flinders Petrie. Der HISTORY CHANNEL zeigt in dieser Produktion außerdem die faszinierendsten Entdeckungen der letzten 20 Jahre, wie die Gräber von den Erbauern der Pyramiden, deren verlorene Stadt und schließlich die Wiederentdeckung der größten Grabkammer im Tal der Könige. Abschließend thematisiert die Dokumentation die Bedrohung der Kulturschätze des alten Ägypten durch Massentourismus und Luftverschmutzung und berichtet über das ehrgeizige Projekt 'Eternal Egypt', welches Ägyptens Vergangenheit dokumentieren und der Welt über das Internet zugänglich machen soll.