Die Hochkultur der Maya fasziniert seit ihrer Wiederentdeckung im Urwald Mittelamerikas Forscher und Abenteurer. Der Film begleitet international renommierte Wissenschaftler in Mexiko und Guatemala bei ihrer Suche nach den Gründen des Zusammenbruchs der einst so hoch entwickelten Zivilisation.

Die Menschen im Dschungelreich der Maya verfügten über erstaunliche mathematische und astronomische Kenntnisse, mit denen sie beispielsweise einen präzisen Kalender entwickelten, dessen Genauigkeit in Europa erst viel später erreicht wurde. In dicht besiedelten Städten lebten bis zu 200.000 Einwohner. Weit über 3.000 Kult- und Machtzentren wurden mit einem ausgeklügelten Transportwesen und einer hoch entwickelten Landwirtschaft versorgt. Die Maya hatten ein kompliziertes Schriftsystem und stellten gigantische Rechenoperationen an. Die Ursachen des rätselhaften Unterganges dieser Zivilisation vor circa einem Jahrtausend konnten noch nicht endgültig entschlüsselt werden. Hatten sich rivalisierende Fürstengeschlechter gegenseitig vernichtet? Ließ die tyrannische Priesterkaste das Land ausbluten? Führte eine selbst verschuldete Klimakatastrophe ins Verderben? Archäologen aus Deutschland untersuchen im mexikanischen Bundesstaat Yukatán Siedlungen von Bauern und finden in der Ruinenstadt Xkipché Spuren für eine gewaltsame Vertreibung der Herrscherschicht. Der nordamerikanische Forscher Richard Hansen analysiert in der guatemaltekischen Königsstadt El Mirador die Indizien für eine ökologische Katastrophe, die von der Bevölkerung selbst durch schleichende Zerstörung der Lebensgrundlagen verursacht wurde. In den berühmten Maya-Ruinen von Palenque haben mexikanische Ausgräber Beweise für eine große Hungersnot entdeckt. Damit bestätigen sie die Forschungsergebnisse des deutschen Geophysikers Gerald Haug. Bei Tiefenbohrungen im Meeresboden der Karibik hat er Beweise für radikale Klimaveränderungen gefunden, die exakt zum Zeitpunkt des Zusammenbruchs der Maya-Kultur stattfanden. Eine Jahrtausenddürre hatte die Region heimgesucht. Die Zahl der Toten muss innerhalb weniger Jahre in die Millionen gegangen sein. Auch die mexikanische Unterwasserarchäologin Carmen Rojas hat in einem Höhlensystem in Yukatán Sedimentablagerungen gefunden, die extreme Dürreperioden belegen.
Mit Laboranalysen und wissenschaftlich fundierten Computermodellen stellt der Film den neuesten Stand der Forschung vor. Die wissenschaftliche Spurensuche ist verbunden mit dem szenischen Bericht über die historischen Entdeckungsreisen des deutschen Fotografen Teobert Maler, der vor 100 Jahren viele Ruinenorte der Maya wiederentdeckte und dokumentierte.