Versteckt in den Bergen von New Mexico wurde während des Zweiten Weltkriegs – unter dem Decknamen „Manhattan Project“ – von Robert J. Oppenheimer die erste Atombombe entwickelt. Die Bomben, die Hiroshima und Nagasaki zerstörten, stammten von hier. Bis heute ist Los Alamos Ort militärischer Geheimhaltung, bis heute haben Atomwaffen und ihre Instandhaltung – Stockpile Stewardship genannt – Priorität. Das Labor ist außerdem ein Zentrum der Genforschung. Im Film begegnen wir außerdem den ehemaligen Mitarbeitern der Waffenproduktion John Balagna, Eloy Roybal und Alex Smith, den indianischen Historikern und Umweltschützern Gilbert Sanchez, Reina Naranjo, Hilario Romero und Joe Chavarria, dem Arbeitsmediziner Ken Silver und der Künstlerin Erika Wanenmacher, sowie dem Direktor des Atomwaffen-Programms, Steve Younger.