Dieser Dateimanager kann mehr als der Windows Explorer. Beim Verwalten von Dateien und Verzeichnissen knüpft er an große Klassiker wie den Norton Commander an - in Handhabung und Darstellung. Das Tool verfügt über einen Hex-Editor, interne Packroutinen von ACE über MIME bis 7-ZIP, eine Befehlszeile zur Direkteingabe, ein programmierbares Benutzermenü und einen integrierten FTP-Client.
Der interne Viewer zeigt diverse Bild- und Textformate an und spielt auch Songs im WAV- und MP3-Format auf Mausklick ab. Das Übersetzen von Textdateien zwischen DOS, UNIX und MAC erleichtert den Datei-Transfer zwischen den verschiedenen Plattformen. Der EF Commander kann abgestürzte Prozesse beenden und das System kontrolliert runterfahren.

Weitere Features:
Funktion zum Einschalten des Bildschirmschoners, Verlaufschaltflächen in der Symbolleiste und die Nutzung von mehreren harmlosen FTP-Kommandos, um die Verbindung aufrecht zu erhalten, HexEditor mit verschiedenen Papierformaten beim Druck, internes SWF (Macromedia Flash)-QuickView über (F3).

Version 5.00 bringt zahlreiche Neuerungen wie freie Tastenbelegung, Multi-Rename-Tool, CRCs (MD5, SFV und SHA1) auch für Unicode-Dateinamen.

Im Zusammenspiel mit der CD- und DVD-Recordingsoftware Nero Burning Rom (ab Version 5.0.3.9) von Ahead Software lassen sich sich direkt aus der Programmoberfläche des EF Commanders heraus Daten auf CD/DVD zu schreiben. Plugins für die neuen Funktionen des EF Commander lassen sich hier herunter laden.