Craig Schwartz (John Cusack), seines Zeichens erfolgloser Puppenspieler, nimmt die Stelle eines Registraturangestellten in einer Firma an, die sich im siebeneinhalbsten Stock eines New Yorker Geschäftsgebäudes befindet. Alle die hier arbeiten müssen gebückt laufen, da das Stockwerk deutlich niedriger ist als ein gewöhnliches. In diesem seltsamen Laden entdeckt Schwartz eine Geheimtür in den Kopf/das Gehirn/das Bewusstsein von John Malkovich, der sich in dem Film selbst verkörpert. Nach 15 Minuten wird man wieder aus ihm herauskatapultiert und landet an der Schnellstrasse nach New Jersey! Daraus entwickelt er zusammen mit seiner tiernärrischen Ehefrau (Cameron Diaz) und der angebeteten Kollegin Maxine (Catherine Keener) die Geschäftsidee, den Zugang zum Kopf des Schauspielers zu vermarkten. Doch jetzt entwickelt sich ein komplexes Beziehungsgeflecht unter den drei "Jungunternehmern", welches immer skurrilere Züge annimmt...